2013年6月，从OSA、平安出来的三个技术人员成立了巨益科技，次月获得120万天使轮投资，开始进行OMS产品闭关研发。

2014年12月JE-OMS1.0版本在广州岭南国际电商产业园正式对外发布，亿邦动力、IT经理世界、天下网商等媒体追踪报道。

2015年6月，经过两年时间的研发和内测，JE-OMS2.0版本正式面向市场，一经推出就受到了百草味、欧莎、妖精的口袋、ESEY、AmII等知名品牌抢先订购。

2016年12月，凭借良好的产品口碑，荣获新网商峰会颁发的“年度十佳服务商”。

2017年1月，获得800万Pre-A轮战略投资，拓展全渠道业务解决方案。

2018年1月，凭借“用巨益，易落地”的全渠道实施理念，荣获2017年度 “京卓越。

2019年3月，巨益科技与阿里云达成战略合作，联合推出图鸦AI系统，进一步扩张产品线。

2020年6月，获得数千万A轮融资，加速企业数据，业务双中台技术升级，服务升级，市场拓展；

2020年12月，连续数年双十一的稳定表现，先后获得若羽臣、星柚集团、半亩花田，裂帛，伊芙丽，伯希和等客户颁发的“最佳全渠道订单中台、优秀数字化供应商、卓越合作伙伴”荣誉奖项。

2021年3月，巨益全渠道电商中台KA商家订购数继续蝉联淘宝、京东、拼多多、抖音等各大服务市场榜首，并持续加大JE-IT、JE-Analysis、Spring Cloud研发投入，加速产品创新；

2022年4月，杭州分公司乔迁升级，积极筹建西安研发中心以及北京、厦门分公司，逐步形成以深圳为总部, 华南、华东、华北三大区域分公司协同发展的全国本地化战略布局；